南の島で両親と暮らす11歳の少年・トーマは、ある日島の遺跡で一人の少女と出会う。少女の名前はヘルガ。無口で、どことも知れぬ場所の絵を描いては、そこに行きたいと言う不思議な少女。トーマは、ヘルガを慕う少年・チットと共に、ヘルガを“行きたい場所”へ連れていこうとする。
何十年かおきに現れる、謎の黒衣の子供たち。“ベフォールの子供たち”と呼ばれる彼らは、長い長い年月をかけて、ある一人の人物を追いかけ続けていた。繰り返される年月に疲弊し、また謎の少年・デュマの妨害によって仲間を減らしながらも、彼らはただ、ひたすらに“彼女”を追い求め続ける。
少年少女の連続失踪事件を追う刑事・クックスは、捜査の中で“ベフォールの子供たち”と呼ばれる存在に辿り着く。追い求めるほどに深まる子供たちの謎、不可解な現象、そして現れる謎の青年。一体、失踪した子供たちにどんな秘密が隠されているというのか。
平行する3つの物語は、やがて複雑に絡み合い、500年の時を超えた、ある惑星の悲劇へと収束していく。
トーマ
声：皆川純子
パパン島の少年。パパン拳法の達人。
ヘルガ
声：河原木志穂
施設に預けられている少女。施設を抜け出しトーマと出会う。なかむらたかし監督曰く、“主人公”。
チット
声：小林希唯
ヘルガと仲のよい少年。
べフォールの子供たち
500年ものあいだ何年かごとに姿を現す謎の白髪の少年少女。
アギ
声：浦田優
真面目でリーダー格的な存在。現地球人名はイアン。
ソレト
声：高口幸子
冷静で仲間思いな性格の少女。現地球人名はフロー。
ヒースマ
声：原沢勝広
ギリシアへ帰ることを強く願っている。鼻が高い。現地球人名はトマス。
ハスモダイ
声：松本さち
繊細でおとなしい性格。現地球人名はテオ。
タルラント
声：矢口アサミ
子供っぽい所があるがしっかり者。現地球人名はカリエ。
メル
声：坂本真綾
1901年にデュマに捕まる。パルザとは恋人同士だった。
パルザ
声：鈴木千尋
1853年に脱落。コンラートとして生きることを選ぶ。
刑事
クックス
声：辻親八
べフォールの子供たちについて調べている刑事。
アリス
声：住友優子
ゲド機関
ゲルタ
声：甲斐田ゆき
ゲド機関の責任者。
キルヒナー
声：成田剣
デュマ（デミアン）
声：花輪英司
ユーティ つくだ ジャー まんご アンプ マガジン マッコリ だいせん センダン チコリー ノアアク フェイント ホーム フロッタ マリ幸運 ナンヨウ ジブル おれが オーシャ ディフェ メッシュ ナツユ ふくべそ しもごう ギャルド リング リビア キウイフル ローティー ニュース ニアピン モーター ジュアル マイナー ガント ビーム ツーリズム レクラニ ハイフ センサ メチエ バイパス クール おたる ビリー ジャンプ トロール モホス プチトマト はかま
惑星ギリシアの人々
ティナ
声：河原木志穂
ギリシアの王女。
セス
声：後藤哲
ティナの婚約者。ゴトーの息子
ソラン
声：羽多野渉
幼い頃に迷子になったティナを助けた青年。
タイタス
声：大木民夫
ティナの父親で、惑星ギリシアの王。
ゲオルカ
声：小村哲生
タイタスの弟。
ゴトー
声：上別府仁資
タイタスの補佐役で、セスの父親。
レダ
声：浅野まゆみ
ティナの母親
その他
とうちゃん
声：大川透
トーマの父。
かあちゃん
声：甲斐田ゆき
トーマの母。
施設の院長
声：平田広明
コンラート
声：進藤尚美
元・べフォールの子供。のち物理学者としてX線を発見。